Familia de portadores de solutos - Solute carrier family

El grupo de transportadores de solutos ( SLC ) de proteínas de transporte de membrana incluye más de 400 miembros organizados en 66 familias. La mayoría de los miembros del grupo SLC se encuentran en la membrana celular . El sistema de nomenclatura de genes SLC fue propuesto originalmente por el Comité de nomenclatura de genes de HUGO ( HGNC ) y es la base para los nombres oficiales de HGNC de los genes que codifican estos transportadores. Se puede encontrar una clasificación de transportadores transmembrana más general en la base de datos de TCDB .

Los solutos que son transportados por los diversos miembros del grupo SLC son extremadamente diversos e incluyen moléculas orgánicas cargadas y no cargadas, así como iones inorgánicos y el gas amoníaco .

Como es típico de las proteínas integrales de membrana , las SLC contienen varias hélices alfa transmembrana hidrófobas conectadas entre sí mediante bucles intra y extracelulares hidrófilos. Dependiendo de la SLC, estos transportadores son funcionales como monómeros u homo o heterooligómeros obligados. Muchas familias de SLC son miembros de la superfamilia de facilitadores principales .

Alcance

Por convención del sistema de nomenclatura , los miembros de una familia de SLC individual tienen una identidad de secuencia superior al 20-25% entre sí. Por el contrario, la homología entre familias de SLC es muy baja o inexistente. Por tanto, el criterio para la inclusión de una familia en el grupo SLC no es la relación evolutiva con otras familias SLC sino funcional (es decir, una proteína de membrana integral que transporta un soluto).

El grupo SLC incluye ejemplos de proteínas de transporte que son:

• transportadores facilitadores (permiten que los solutos fluyan cuesta abajo con sus gradientes electroquímicos )
• Transportadores activos secundarios (permiten que los solutos fluyan cuesta arriba contra su gradiente electroquímico al acoplarse al transporte de un segundo soluto que fluye cuesta abajo con su gradiente de manera que el cambio total de energía libre sigue siendo favorable)

La serie SLC no incluye miembros de familias de proteínas de transporte que hayan sido previamente clasificadas por otros sistemas de nomenclatura ampliamente aceptados que incluyen:

• transportadores activos primarios (permiten el flujo cuesta arriba contra gradientes electroquímicos) como los transportadores ABC ( casete de unión de ATP ) mediante el acoplamiento del transporte a un evento de liberación de energía como la hidrólisis de ATP
• canales de iones
• acuaporinas (canales de agua)

Distribución subcelular

La mayoría de los miembros del grupo SLC se encuentran en la membrana celular , pero algunos miembros se encuentran en las mitocondrias (la más notable es la familia SLC 25) u otros orgánulos intracelulares .

Sistema de nomenclatura

Los nombres de los miembros individuales de SLC tienen el siguiente formato:

• SLCnXm

dónde:

• SLC es el nombre raíz ( S o L ute C arrier)
• n = un número entero que representa una familia (p. ej., 1-52)
• X = una sola letra (A, B, C, ...) que denota una subfamilia
• m = un número entero que representa a un miembro individual de la familia ( isoforma ).

Por ejemplo, SLC1A1 es la primera isoforma de la subfamilia A de la familia 1 de SLC.

Se produce una excepción con la familia SLC 21 (los transportadores de polipéptidos que transportan aniones orgánicos), que por razones históricas tienen nombres en el formato SLCOnXm donde n = número de familia, X = letra de subfamilia ym = número de miembro.

Mientras que los HGNC sólo asignan nomenclatura a genes humanos, por convención los ortólogos de vertebrados de estos genes adoptan la misma nomenclatura (p. Ej., Ortólogos asignados a VGNC de SLC10A1 ). En el caso de los roedores, el caso de los símbolos difiere del de otros vertebrados por el uso de mayúsculas y minúsculas, es decir, Slc1a1 denota el ortólogo de roedor del gen SLC1A1 humano.

Familias

Las siguientes familias se nombran bajo SLC:

1. transportador de glutamato de alta afinidad y aminoácidos neutros
   • ( SLC1A1 , SLC1A2 , SLC1A3 , SLC1A4 , SLC1A5 , SLC1A6 , SLC1A7 )
2. transportador de GLUT facilitador
   • ( SLC2A1 , SLC2A2 , SLC2A3 , SLC2A4 , SLC2A5 , SLC2A6 , SLC2A7 , SLC2A8 , SLC2A9 , SLC2A10 , SLC2A11 , SLC2A12 , SLC2A13 , SLC2A14 )
3. subunidades pesadas de transportadores de aminoácidos heterodiméricos
   • ( SLC3A1 , SLC3A2 )
4. transportador de bicarbonato
   • ( SLC4A1 , SLC4A2 , SLC4A3 , SLC4A4 , SLC4A5 , SLC4A6 , SLC4A7 , SLC4A8 , SLC4A9 , SLC4A10 , SLC4A11 )
5. cotransportador de sodio y glucosa
   • ( SLC5A1 , SLC5A2 , SLC5A3 , SLC5A4 , SLC5A5 , SLC5A6 , SLC5A7 , SLC5A8 , SLC5A9 , SLC5A10 , SLC5A11 , SLC5A12 )
6. sodio dependiente de cloruro y sodio: simportadores de neurotransmisores
   • ( SLC6A1 , SLC6A2 , SLC6A3 , SLC6A4 , SLC6A5 , SLC6A6 , SLC6A7 , SLC6A8 , SLC6A9 , SLC6A10 , SLC6A11 , SLC6A12 , SLC6A13 , SLC6A14 , SLC6A15 , SLC6A16 , SLC6A17 , SLC6A18 , SLC6A19 , SLC6A20 )
7. transportador de aminoácidos catiónicos / asociado a glicoproteínas
   • transportadores de aminoácidos catiónicos ( SLC7A1 , SLC7A2 , SLC7A3 , SLC7A4 )
   • subunidades asociadas a glicoproteínas / ligeras o catalíticas de transportadores de aminoácidos heterodiméricos ( SLC7A5 , SLC7A6 , SLC7A7 , SLC7A8 , SLC7A9 , SLC7A10 , SLC7A11 , SLC7A13 , SLC7A14 )
8. Intercambiador Na + / Ca2 +
   • ( SLC8A1 , SLC8A2 , SLC8A3 )
9. Intercambiador Na + / H +
   • ( SLC9A1 , SLC9A2 , SLC9A3 , SLC9A4 , SLC9A5 , SLC9A6 , SLC9A7 , SLC9A8 , SLC9A9 , SLC9A10 , SLC9A11 , SLC9B1 , SLC9B2 )
10. cotransporte de sal biliar de sodio
    • ( SLC10A1 , SLC10A2 , SLC10A3 , SLC10A4 , SLC10A5 , SLC10A6 , SLC10A7 )
11. transportador de iones de metal acoplado a protones
    • ( SLC11A1 , SLC11A2 )
12. cotransportador de catión-Cl electroneutral
    • ( SLC12A1 , SLC12A1 , SLC12A2 , SLC12A3 , SLC12A4 , SLC12A5 , SLC12A6 , SLC12A7 , SLC12A8 , SLC12A9 )
13. Cotransportador de sulfato de Na + / carboxilato
    • ( SLC13A1 , SLC13A2 , SLC13A3 , SLC13A4 , SLC13A5 )
14. transportador de urea
    • ( SLC14A1 , SLC14A2 )
15. cotransportador de oligopéptidos de protones
    • ( SLC15A1 , SLC15A2 , SLC15A3 , SLC15A4 )
16. transportador de monocarboxilato
    • ( SLC16A1 , SLC16A2 , SLC16A3 , SLC16A4 , SLC16A5 , SLC16A6 , SLC16A7 , SLC16A8 , SLC16A9 , SLC16A10 , SLC16A11 , SLC16A12 , SLC16A13 , SLC16A14 )
17. transportador de glutamato vesicular
    • ( SLC17A1 , SLC17A2 , SLC17A3 , SLC17A4 , SLC17A5 , SLC17A6 , SLC17A7 , SLC17A8 , SLC17A9 )
18. transportador de amina vesicular
    • ( SLC18A1 , SLC18A2 , SLC18A3 )
19. transportador de folato / tiamina
    • ( SLC19A1 , SLC19A2 , SLC19A3 )
20. cotransportador de fosfato de Na + tipo III
    • ( SLC20A1 , SLC20A2 )
21. transporte de aniones orgánicos
    • subfamilia 1 ( SLCO1A2 , SLCO1B1 , SLCO1B3 , SLCO1C1 )
    • subfamilia 2 ( SLCO2A1 , SLCO2B1 )
    • subfamilia 3 ( SLCO3A1 )
    • subfamilia 4 ( SLCO4A1 , SLCO4C1 )
    • subfamilia 5 ( SLCO5A1 )
    • subfamilia 6 ( SLCO6A1 )
22. transportador de cationes orgánicos / aniones / zwitteriones
    • ( SLC22A1 , SLC22A2 , SLC22A3 , SLC22A4 , SLC22A5 , SLC22A6 , SLC22A7 , SLC22A8 , SLC22A9 , SLC22A10 , SLC22A11 , SLC22A12 , SLC22A13 , SLC22A14 , SLC22A15 , SLC22A16 , SLC22A17 , SLC22A18 , SLC22A18AS , SLC22A19 , SLC22A20 , SLC22A23 , SLC22A24 , SLC22A25 , SLC22A31 )
23. Transportador de ácido ascórbico dependiente de Na +
    • ( SLC23A1 , SLC23A2 , SLC23A3 , SLC23A4 )
24. Intercambiador de Na + / (Ca2 + -K +)
    • ( SLC24A1 , SLC24A2 , SLC24A3 , SLC24A4 , SLC24A5 , SLC24A6 )
25. portador mitocondrial
    • ( SLC25A1 , SLC25A2 , SLC25A3 , SLC25A4 , SLC25A5 , SLC25A6 , UCP1 (SLC25A7) , UCP2 (SLC25A8) , UCP3 (SLC25A9) , SLC25A10 , SLC25A11 , SLC25A12 , SLC25A13 , SLC25A14 , SLC25A15 , SLC25A16 , SLC25A17 , SLC25A18 , SLC25A19 , SLC25A20 , SLC25A21 , SLC25A22 , SLC25A23 , SLC25A24 , SLC25A25 , SLC25A26 , SLC25A27 , SLC25A28 , SLC25A29 , SLC25A30 , SLC25A31 , SLC25A32 , SLC25A33 , SLC25A34 , SLC25A35 , SLC25A36 , SLC25A37 , SLC25A38 , SLC25A39 , SLC25A40 , SLC25A41 , SLC25A42 , SLC25A43 , SLC25A44 , SLC25A45 , SLC25A46 ), SLC25A47, SLC25A48, MTCH1 (SLC25A49) , MTCH2 (SLC25A50) , SLC25A51, SLC25A52, SLC25A53
26. intercambiador de aniones multifuncional
    • ( SLC26A1 , SLC26A2 , SLC26A3 , SLC26A4 , SLC26A5 , SLC26A6 , SLC26A7 , SLC26A8 , SLC26A9 , SLC26A10 , SLC26A11 )
27. proteínas de transporte de ácidos grasos
    • ( SLC27A1 , SLC27A2 , SLC27A3 , SLC27A4 , SLC27A5 , SLC27A6 )
28. Transporte de nucleósidos acoplado a Na +
    • ( SLC28A1 , SLC28A2 , SLC28A3 )
29. transportador facilitador de nucleósidos
    • ( SLC29A1 , SLC29A2 , SLC29A3 , SLC29A4 )
30. transportador de zinc
    • ( SLC30A1 , SLC30A2 , SLC30A3 , SLC30A4 , SLC30A5 , SLC30A6 , SLC30A7 , SLC30A8 , SLC30A9 , SLC30A10 )
31. transportador de cobre
    • ( SLC31A1 , SLC31A2 )
32. transportador de aminoácidos inhibidor vesicular
    • ( SLC32A1 )
33. Transportador de acetil-CoA
    • ( SLC33A1 )
34. cotransportador de fosfato de Na + tipo II
    • ( SLC34A1 , SLC34A2 , SLC34A3 )
35. transportador de nucleótido-azúcar
    • subfamilia A ( SLC35A1 , SLC35A2 , SLC35A3 , SLC35A4 , SLC35A5 )
    • subfamilia B ( SLC35B1 , SLC35B2 , SLC35B3 , SLC35B4 )
    • subfamilia C ( SLC35C1 , SLC35C2 )
    • subfamilia D ( SLC35D1 , SLC35D2 , SLC35D3 )
    • subfamilia E (SLC35E1, SLC35E2A, SLC35E2B, SLC35E3, SLC35E4)
    • subfamilia F ( SLC35F1 , SLC35F2 , SLC35F3 , SLC35F4 , SLC35F5 )
    • subfamilia G ( SLC35G1 , SLC35G3 , SLC35G4 , SLC35G5 , SLC35G6 )
36. transportador de aminoácidos acoplado a protones
    • ( SLC36A1 , SLC36A2 , SLC36A3 , SLC36A4 )
37. intercambiador de azúcar-fosfato / fosfato
    • ( SLC37A1 , SLC37A2 , SLC37A3 , SLC37A4 )
38. Sistema A & N, transportador de aminoácidos neutros acoplado a sodio
    • ( SLC38A1 , SLC38A2 , SLC38A3 , SLC38A4 , SLC38A5 , SLC38A6 , SLC38A7 , SLC38A8 , SLC38A9 , SLC38A10 , SLC38A11 )
39. transportador de iones metálicos
    • ( SLC39A1 , SLC39A2 , SLC39A3 , SLC39A4 , SLC39A5 , SLC39A6 , SLC39A7 , SLC39A8 , SLC39A9 , SLC39A10 , SLC39A11 , SLC39A12 , SLC39A13 , SLC39A14 )
40. transportador de hierro basolateral
    • ( SLC40A1 )
41. Transportador de magnesio similar al MgtE
    • ( SLC41A1 , SLC41A2 , SLC41A3 )
42. Transportador de amoniaco
    • ( RHAG (SLC42A1) , RHBG (SLC42A2) , RHCG (SLC42A3) )
43. Transportador de aminoácidos similar al sistema L, independiente de Na +
    • ( SLC43A1 , SLC43A2 , SLC43A3 )
44. Transportador similar a colina
    • ( SLC44A1 , SLC44A2 , SLC44A3 , SLC44A4 , SLC44A5 )
45. Transportador de azúcar putativo
    • ( SLC45A1 , SLC45A2 , SLC45A3 , SLC45A4 )
46. Transportador de folato
    • ( SLC46A1 , SLC46A2 , SLC46A3 )
47. extrusión de múltiples fármacos y toxinas
    • ( SLC47A1 , SLC47A2 )
48. Familia de transportadores hemo
    • (SLC48A1)
49. Transportador de hemo
    • ( FLVCR1 (SLC49A1) , FLVCR2 (SLC49A2) , SLC49A3, SLC49A4)
50. Transportadores de eflujo de azúcar de la familia SWEET
    • (SLC50A1)
51. Transportadores de moléculas derivadas de esteroides
    • (SLC51A, SLC51B)
52. Familia de transportadores de riboflavina RFVT / SLC52
    • (SLC52A1, SLC52A2, SLC52A3)
53. Portadores de fosfato
    • ( XPR1 (SLC53A1)
54. Portadores de piruvato mitocondrial
    • (MPC1 (SLC54A1), MPC2 (SLC54A2), MPC1L (SLC54A3))
55. Intercambiadores de cationes / protones mitocondriales
    • (LETM1 (SLC54A1), LETM2 (SLC54A2), LETMD1 (SLC54A3))
56. Sideroflexinas
    • ( SFXN1 (SLC56A1) , SFXN2 (SLC56A2), SFXN3 (SLC56A3), SFXN4 (SLC56A4), SFXN5 (SLC56A5))
57. Familia de transportadores de magnesio tipo NiPA
    • ( NIPA1 (SLC57A1) , NIPA2 (SLC57A2) , NIPAL1 (SLC57A3), NIPAL2 (SLC57A4), NIPAL3 (SLC57A5), NIPAL4 (SLC57A6))
58. Familia de transportadores de magnesio tipo MagT
    • ( MAGT1 (SLC58A1) , TUSC3 (SLC58A2 ))
59. Familia de simportadores de lisofosfatidilcolina dependientes de sodio
    • (MFSD2A (SLC59A1), MFSD2B (SLC59A2))
60. Transportadores de glucosa
    • (MFSD4A (SLC60A1), MFSD4B (SLC60A2))
61. Familia de transportadores de molibdato
    • (MFSD5 (SLC61A1))
62. Transportadores de pirofosfato
    • (ANKH (SLC62A1))
63. Transportadores de esfingosina-fosfato
    • (SPNS1 (SLC63A1), SPNS2 (SLC63A2), SPNS3 (SLC63A3))
64. Intercambiadores Golgi Ca2 + / H +
    • (TMEM165 (SLC64A1))
65. Transportadores de colesterol tipo NPC
    • ( NPC1 (SLC65A1) , NPC1L1 (SLC65A2))
66. Exportadores de aminoácidos catiónicos
    • (SLC66A1, SLC66A2, SLC66A3, CTNS (SLC66A4) , MPDU (SLC66A5))

SLC putativos

Las SLC putativas , también llamadas SLC atípicas, son proteínas transportadoras secundarias activas o facilitadoras novedosas y plausibles que comparten antecedentes ancestrales con las SLC conocidas. Sin embargo, los SLC atípicos del tipo MFS pueden subdividirse en 15 familias de transportadores MFS putativos ( AMTF ).

Todos los SLC putativos son transportadores de SLC plausibles. Algunos son sólo "atípicos" cuando se trata de su nomenclatura; los genes tienen una asignación de SLC pero como un alias, y han retenido su símbolo de gen "no SLC" ya asignado como símbolo aprobado.

Éstos son algunos putativo SLC Listado: OCA2 , CLN3 , TMEM104 , SPNS1, SPNS2 , SPNS3 , SV2A , SV2B , SV2C , SVOP, SVOPL, MFSD1 , MFSD2A , MFSD2B , MFSD3 , MFSD4A , MFSD4B , MFSD5 , MFSD6 , MFSD6L , MFSD8 , MFSD9 , MFSD10 , MFSD11 , MFSD12 , MFSD13A , MFSD14A , MFSD14B , UNC93A y UNC93B1 .

Referencias

Tablas SLC. SLCtables

enlaces externos

• Esquema de familias
• Conjuntos de datos y reactivos de la familia de transportadores de solutos
• Lista de proteínas en el sitio web de HGNC