Base de datos del genoma de ratas - Rat Genome Database

RGD
Contenido
Descripción	La base de datos del genoma de la rata
Organismos	Rattus norvegicus (rata)
Contacto
Centro de Investigación	Facultad de Medicina de Wisconsin e Ingeniería Biomédica
Laboratorio	Anne E. Kwitek, Doctora en Filosofía
Autores	Ysabel Chen y el equipo de RGD
Cita primaria	PMID 31713623
Acceso
Sitio web	rgd .mcw .edu
URL de descarga	Publicación de datos RGD

La Base de datos del genoma de ratas ( RGD ) es una base de datos de datos genómicos , genéticos, fisiológicos y funcionales de ratas , así como datos para la genómica comparativa entre ratas, humanos y ratones. RGD es responsable de adjuntar información biológica al genoma de la rata a través de vocabulario estructurado u ontología , anotaciones asignadas a genes y loci de rasgos cuantitativos (QTL), y de consolidar los datos de cepas de ratas y ponerlos a disposición de la comunidad de investigadores. También están desarrollando un conjunto de herramientas para extraer y analizar datos genómicos, fisiológicos y funcionales de ratas, y datos comparativos de ratas, ratones, humanos y otras cinco especies.

RGD comenzó como un esfuerzo de colaboración entre instituciones de investigación involucradas en la investigación genética y genómica de ratas. Su objetivo, como se indica en la Solicitud de solicitud de subvención de los Institutos Nacionales de Salud : HL-99-013, es el establecimiento de una base de datos del genoma de ratas para recopilar, consolidar e integrar los datos generados a partir de los esfuerzos de investigación genética y genómica de ratas en curso y hacer esto datos ampliamente disponibles para la comunidad científica. Un objetivo secundario, pero crítico, es proporcionar la curación de posiciones mapeadas para loci de rasgos cuantitativos, mutaciones conocidas y otros datos fenotípicos.

Los investigadores siguen utilizando ampliamente la rata como organismo modelo para investigar la farmacología, la toxicología, la fisiología general y la biología y fisiopatología de las enfermedades. En los últimos años, ha habido un rápido aumento de los datos genéticos y genómicos de ratas. Además de esto, la Base de datos del genoma de la rata se ha convertido en un punto central de información sobre la rata para la investigación y ahora presenta información no solo sobre genética y genómica, sino también sobre fisiología y biología molecular. Hay herramientas y páginas de datos disponibles para todos estos campos que son seleccionadas por el personal de RGD.

Datos

Los datos de RGD consisten en anotaciones manuales de investigadores de RGD, así como anotaciones importadas de una variedad de fuentes diferentes. RGD también exporta sus propias anotaciones para compartirlas con otros.

La página de datos de RGD enumera ocho tipos de datos almacenados en la base de datos: genes , QTL , marcadores , mapas, cepas , ontologías , secuencias y referencias . De estos, seis se utilizan activamente y se actualizan periódicamente. El tipo de datos RGD Maps se refiere a mapas híbridos de radiación y genéticos heredados. Estos datos han sido reemplazados en gran medida por la secuencia del genoma completo de la rata. El tipo de datos de Secuencias no es una lista completa de secuencias genómicas, de transcripción o de proteínas, sino que contiene principalmente secuencias de cebadores de PCR que definen el polimorfismo de longitud de secuencia simple (SSLP) y los marcadores de etiqueta de secuencia expresada (EST). Dichas secuencias son útiles principalmente para los investigadores que todavía usan estos marcadores para genotipar sus animales y para distinguir entre marcadores del mismo nombre. Los seis tipos de datos principales en RGD son los siguientes:

Genes : Los registros de genes iniciales se importan y actualizan desde labase de datos de genesdel Centro Nacional de Información Biotecnológica ( NCBI ) semanalmente. Los datos importados durante este proceso incluyen el Gen ID, losidentificadores de secuencias de nucleótidos y proteínas Genbank / RefSeq, losID de grupo HomoloGene y los ID de proteínas, transcripciones y genes Ensembl . Los datos adicionales relacionados con las proteínas se importan de la base de datos UniProtKB . Los curadores de RGD revisan la literatura y seleccionan manualmente Ontología Genética ( GO ), enfermedades, fenotipos y vías para genes de rata, enfermedades y vías para genes de ratón, y enfermedades, fenotipos y vías para genes humanos. Además, el sitio importa anotaciones GO para genes humanos y de ratón del Consorcio GO, anotaciones electrónicas de rata de UniProt y anotaciones de fenotipo de ratón de Mouse Genome Database / Mouse Genome Informatics ( MGD / MGI ).
QTL : el personal de RGD selecciona manualmente datos para QTL de ratas y humanos de la literatura donde existen tales publicaciones o de registros enviados directamente por los investigadores. Los registros QTL de ratón, incluidas las asignaciones de ontología de fenotipo de mamífero (MP), se importan directamente desde MGI. Para los QTL de ratas y humanos, la curación incluye la asignación de anotaciones de ontología de enfermedad, HP y MP. Las posiciones de QTL se asignan automáticamente en función de las posiciones genómicas de los marcadores de pico y / o flanqueantes o polimorfismos de un solo nucleótido ( SNP ). Los registros de QTL enlazan con información sobre cepas relacionadas, genes candidatos, marcadores asociados y QTL relacionados.
Cepas : al igual que los registros QTL, los registros de cepas RGD se seleccionan manualmente a partir de la literatura o los envían los investigadores. Los registros de cepas incluyen información sobre el símbolo oficial de la cepa, el origen y la disponibilidad de la cepa, los fenotipos asociados, si la cepa es un modelo para una enfermedad humana y cualquier información disponible sobre reproducción, comportamiento, cría, etc. Registros de cepas enlazar con información sobre genes, alelos y QTL relacionados, cepas asociadas (por ejemplo, cepas o subcepas parentales) y, cuando estén disponibles, variantes de nucleótidos dañinos específicos de la cepa. Para las cepas congénicas y mutantes, se asignan posiciones genómicas para la región introgresada ( cepas congénicas ) o la ubicación de la secuencia mutada (cepas mutantes).
Marcadores : debido a que los marcadores genéticos como los SSLP y las tecnologías ecológicamente racionales se han utilizado, y se siguen utilizando, para los QTL y las cepas, RGD almacena datos de marcadores para ratas, humanos y ratones. Los datos de los marcadores incluyen las secuencias de los cebadores de PCR directos e inversos asociados, las posiciones genómicas y los enlaces a la base de datos Probe del NCBI . Los registros de marcadores se vinculan con registros de genes, cepas y QTL asociados.
Líneas celulares : RGD almacena registros de líneas celulares basados en importaciones de Cellosaurus . Aunque la mayor parte de estos son líneas celulares humanas y de ratón, también hay registros disponibles para ratas, bonobos, perros, ardillas, cerdos, monos verdes y ratas topo desnudas.
Ontologías : para que los datos de RGD sean legibles por humanos y estén disponibles para el análisis y la recuperación computacionales, RGD se basa en el uso de múltiples ontologías. A julio de 2021, RGD utilizó 19 ontologías diferentes para expresar los diversos tipos de datos aplicables a los diversos tipos de datos de RGD. Los curadores asignan manualmente las anotaciones de ontología o se importan de fuentes externas mediante el uso de canalizaciones automatizadas. Seis de las ontologías en uso en RGD fueron creadas o co-creadas en RGD y siete están en desarrollo por miembros del personal o colaboradores de RGD, estas son ontologías para Pathway (PW), Rat Strains (RS), Vertebrate Traits (VT), Disease (RDO), mediciones clínicas (CMO), métodos de medición (MMO) y condiciones experimentales (XCO). Las ontologías que se importan de fuentes externas se actualizan semanalmente.
Referencias : las referencias RGD son publicaciones científicas y recursos que se han utilizado para la conservación de información en la base de datos y son fuentes de objetos de datos como QTL y cepas. Para las referencias a las que se accede a través de PubMed de NCBI, los datos importados incluyen el título, los autores, la cita y el ID de PubMed, y se genera un ID de RGD. En algunos casos, las referencias se generan como registros internos, como cargas masivas desde canalizaciones automatizadas o comunicaciones personales con fuentes de datos. Estas referencias adicionales brindan a los usuarios de RGD una identificación de la fuente de piezas particulares y tipos de datos para los cuales los registros de PubMed no están disponibles. Ambos tipos de registros de referencia proporcionan enlaces a todos los datos seleccionados de ese artículo o fuente, incluidos genes, QTL, cepas, enfermedades y otras anotaciones ontológicas. Los recursos seleccionados para obtener información se pueden recuperar de la base de datos utilizando la página de búsqueda de referencia o los enlaces en una página de objeto. También se encuentran disponibles referencias no tratadas, que se sabe que contienen datos relevantes pero que aún no se han revisado manualmente. Estos se encuentran como enlaces PubMed enumerados en la sección 'Referencias - sin curar' de un informe de objeto (por ejemplo, un informe genético).

Herramientas del genoma

Las herramientas Genome de RGD incluyen tanto herramientas de software desarrolladas en RGD como herramientas de fuentes de terceros.

Herramientas de genoma desarrolladas en RGD

RGD desarrolla herramientas basadas en la web diseñadas para utilizar los datos almacenados en la base de datos RGD para análisis en ratas y entre especies. Éstos incluyen:

OntoMate : OntoMate es un motor de búsqueda de literatura basado en conceptos, impulsado por ontologías que ha sido desarrollado por RGD como una alternativa para el motor de búsqueda básico PubMed en el flujo de trabajo de curación de genes. Convertir datos de texto libre en la literatura científica a un formato estructurado de búsqueda es una de las principales tareas de todas las bases de datos de organismos modelo. Las etiquetas OntoMate se resumen con nombres de genes, mutaciones genéticas, nombres de organismos, enfermedades y otros términos de las ontologías / vocabularios utilizados en RGD. Todos los términos / entidades etiquetados en un resumen se enumeran con el resumen en los resultados de búsqueda. OntoMate también proporciona filtros activados por el usuario para especies, fechas y otros parámetros relevantes para la búsqueda de literatura, lo que ha simplificado el proceso en comparación con el uso de PubMed. Además de su utilidad para los procesos de curación internos de RGD, la herramienta está disponible para todos los usuarios de RGD.
Gene Annotator : la herramienta Gene Annotator o GA toma como entrada una lista de símbolos de genes, ID de RGD, números de acceso de GenBank, identificadores de Ensembl o una región cromosómica y recupera ortólogos de genes, identificadores de bases de datos externas y anotaciones de ontologías para los genes correspondientes en RGD. Los datos pueden descargarse en una hoja de cálculo de Excel o analizarse en la herramienta. La función Distribución de anotaciones muestra una lista de términos en cada una de las siete categorías con el porcentaje de genes de la lista de entrada con anotaciones para cada término. La función Comparison Heat Map permite comparaciones de anotaciones de genes en la lista de entrada entre dos ontologías o entre dos ramas de la misma ontología.
Variant Visualizer : Variant Visualizer (VV) es una herramienta de visualización y análisis para polimorfismos de secuencia específicos de cepas de rata. VV toma como entrada una lista de símbolos de genes o una región genómica definida por cromosomas, posiciones de inicio y finalización o por dos símbolos de genes o marcadores. El usuario también debe seleccionar sus cepas de interés de una lista de cepas para las que existen secuencias del genoma completo y puede establecer parámetros para las variantes en el conjunto de resultados. La salida es una visualización de variantes de tipo mapa de calor. Se puede ver información adicional para variantes individuales en una pantalla de panel de detalles.
Herramienta de enriquecimiento de múltiples ontologías (MOET): MOET es una herramienta de análisis de ontologías basada en la web que se utiliza para identificar términos de cualquiera o todas las ontologías utilizadas por RGD para la curación de genes (enfermedad, vía, fenotipo, GO, ChEBI) que están sobre- representado en las anotaciones para esos genes, o para ortólogos en otras especies. Genera un gráfico descargable y una lista de términos estadísticamente sobrerrepresentados en la lista de genes del usuario usando distribución hipergeométrica. MOET también muestra la correspondiente corrección de Bonferroni y la proporción de probabilidades en la página de resultados.
Buscador de ubicaciones de ortólogos genéticos (GOLF): GOLF se utiliza para comparar genes o posiciones dentro de regiones de interés en todas las especies o conjuntos de RGD. Los resultados se muestran con los genes / posiciones correspondientes en ambas especies o en ambos conjuntos en una vista tabular lado a lado. Las entradas y salidas a GOLF se pueden exportar a otras herramientas RGD para su análisis o descargarlas usando los enlaces en la página de resultados de GOLF.
InterViewer : InterViewer es un visor interactivo proteína-proteína que muestra la información apropiada sobre los tipos de interacciones y enlaces a genes asociados que pertenecen a la entrada del usuario.
PhenoMiner : PhenoMiner combina datos fenotípicos de diferentes cepas de ratas, por lo que los investigadores pueden usar filtros para encontrar los datos fenotípicos cuantitativos que están buscando.
OLGA - Generador y analizador de listas de objetos: OLGA es un motor de búsqueda diseñado para permitir a los usuarios ejecutar múltiples consultas, generar una lista de objetos de cada consulta y combinar de manera flexible los resultados utilizando especificaciones boolianas. OLGA toma como entrada una lista de símbolos de objeto o parámetros de búsqueda basados en anotaciones de ontología o posición. La lista final de genes, QTL o cepas se puede descargar o enviar a GA Tool, Variant Visualizer, Genome Viewer u otras herramientas RGD.
Visor del genoma : la herramienta Visor del genoma (GViewer) proporciona a los usuarios vistas completas del genoma de genes, QTL y cepas mapeadas anotadas a una función, proceso biológico, componente celular, fenotipo, enfermedad, vía o interacción química. GViewer permite búsquedas booleanas en múltiples ontologías. La salida se muestra frente a un cariotipo del genoma de rata.
Overgo Probe Designer : las sondas Overgo son pares de oligonucleótidos de 22 meros parcialmente superpuestos derivados de la secuencia genómica repetida enmascarada y que se utilizan como sondas de alta actividad específica para el mapeo del genoma. La herramienta Overgo Probe Designer toma como entrada una secuencia de nucleótidos y genera una lista de secuencias de sonda optimizadas que contienen la superposición de 8 nucleótidos requerida en sus extremos 3 '.
Haplotyper ACP : El haplotyper ACP crea un haplotipo visual que se puede utilizar para identificar regiones cromosómicas conservadas y no conservadas entre cualquiera de las 48 cepas de ratas caracterizadas como parte del proyecto ACP. Para el cromosoma seleccionado y entre las cepas seleccionadas, la herramienta compara los datos de tamaño de alelo para marcadores de microsatélites en el mapa genético o RH seleccionado.

Herramientas de genoma de terceros adaptadas para su uso con datos RGD

RGD ofrece varias herramientas de software de terceros que se han adaptado para su uso en el sitio web utilizando datos almacenados en la base de datos de RGD. Éstos incluyen:

JBrowse : JBrowse es una herramienta de análisis de datos gratuita, interactiva y específica de la base de datos. El software fue creado y actualmente es mantenido por el proyecto Generic Model Organism Database, tipos de datos genéticos y fenotípicos, incluidos conjuntos de datos fundamentales y datos de interacción genético-químico, y se puede acceder a su relación con la secuencia genómica a través de JBrowse.
RatMine : RatMine es una versión centrada en ratas del software InterMine. Permite a los usuarios extraer y analizar datos de ratas de diversas bases de datos, incluidas RGD, NCBI, UniProtKB y Ensembl en una sola ubicación utilizando un formato coherente. La plataforma InterMine se ha adaptado para múltiples especies en otras bases de datos y está diseñada para ser interoperable entre instancias para que los usuarios puedan consultar entre especies desde la interfaz RatMine.

Datos y herramientas adicionales

Portal de fenotipos y modelos

El portal de fenotipos y modelos de RGD se centra en las cepas, los fenotipos y la rata como organismo modelo para la fisiología y la enfermedad.

Modelos genéticos : es el lugar donde se enumeran todas las ratas genómicamente modificadas (cepas mutantes y cepas transgénicas) en un formato de tabla para un acceso rápido por genes afectados, cepas de fondo y otra información disponible. Esta sección también contiene cepas de GERRC en las que se crearon ratas con genoma modificado a través del Centro de recursos para ratas de edición genética.
Modelos de autismo : las ratas de laboratorio son el animal de elección en neurobiología. El Medical College of Wisconsin ha estado trabajando con la Iniciativa de Investigación del Autismo de la Fundación Simons (SFARI) para generar y distribuir modelos de autismo de rata diseñados.
PhenoMiner (modelos cuantitativos) : PhenoMiner es una base de datos y una aplicación web para encontrar y analizar datos cuantitativos del fenotipo de rata. Los datos se anotan en ontologías para la cepa de la rata, la medición clínica, el método de medición y la condición experimental. Los experimentos se clasifican según el rasgo o la enfermedad evaluados por la medición. El uso de vocabularios y formatos de datos estandarizados permite la comparación de valores entre experimentos para la misma medición. La página de resultados de PhenoMiner incluye un gráfico de los valores de medición y una tabla descargable de los valores con sus metadatos adjuntos. Se proporciona un enlace para brindar a los usuarios la oportunidad de enviar sus propios datos a la base de datos.
Rangos esperados (modelos cuantitativos) : Rangos esperados es una base de datos de metanálisis estadístico donde los valores fenotípicos cuantitativos de PhenoMiner se utilizan para calcular el "rango esperado" de un fenotipo medido para un grupo de cepas en diferentes estudios. Estos rangos esperados se pueden estratificar por sexo, edad y condiciones experimentales si hay suficientes puntos de datos.
Fenotipos : la sección Fenotipos contiene una gran cantidad de datos del proyecto PhysGen Program for Genomic Applications, un proyecto financiado por el NHLBI para "desarrollar cepas de ratas consómicas y knockout, caracterizar fenotípicamente estas cepas y proporcionar estos recursos a la comunidad científica". Las categorías de datos incluyen mediciones de la función cardiovascular, renal y respiratoria, química sanguínea, morfología corporal y comportamiento. También se proporcionan enlaces a protocolos para fenotipado de ratas y a datos similares de fenotipado de alto rendimiento en el Proyecto Nacional de BioResource para la Rata en Japón (NBRP-Rat).
Modelos fenotípicos y recursos genómicos para especies adicionales : además de los datos de ratas, ratones y humanos, el RGD proporciona acceso integrado a información genómica y, en algunos casos, fenotípica de especies de mamíferos adicionales. Estas otras especies, que se enumeran a continuación, son modelos de investigación importantes para enfermedades, fisiología y fenotipos.


Nombre común	Nombre científico	Modelo para
Chinchilla	Chinchilla lanigera	La fisiología, el desarrollo y la función del sistema auditivo. La patobiología de las infecciones y el desarrollo de vacunas.
Ardilla de tierra de trece líneas	Ictidomys tridecemlineatus	Función de la retina, metabolismo, hipoxia / reperfusión y longevidad
Perro domestico	Canis lupus familiaris	Cáncer, enfermedades cardíacas, trastornos autoinmunes, alergias, enfermedades de la tiroides, cataratas, epilepsia, displasia de cadera, ceguera, sordera y más
Bonobo	Pan paniscus	Desordenes cardiovasculares
Cerdo	Sus scrofa	Función renal, estructura vascular, obesidad, enfermedades cardiovasculares, endocrinología, alcoholismo, diabetes, nefropatía y trasplante de órganos.
Mono verde	Clorocebus sabaeus	Neurodegeneración, diabetes y otros síndromes metabólicos Transmisión del VIH y SIDA
Rata topo desnuda	Heterocephalus glaber	Biogerontología, envejecimiento y resistencia al cáncer

Portales de enfermedades

Los portales de enfermedades consolidan los datos en RGD para una categoría de enfermedad específica y los presentan en un solo grupo de páginas. Se enumeran los genes, los QTL y las cepas anotadas para cualquier enfermedad de la categoría, con vistas de todo el genoma de sus ubicaciones en ratas, humanos y ratones (consulte el Visor del genoma en las herramientas del genoma desarrolladas en RGD ). Las secciones adicionales del portal muestran datos de fenotipos, procesos biológicos y vías relacionadas con la categoría de la enfermedad. También se proporcionan páginas para brindar a los usuarios acceso a información sobre cepas de ratas utilizadas como modelos para una o más enfermedades en la categoría, herramientas que podrían usarse para analizar los datos y recursos adicionales relacionados con la categoría de la enfermedad. Además, el acceso a la Herramienta de enriquecimiento multiontológico (MOET) de RGD está disponible en la parte inferior de los portales de enfermedades individuales.

En mayo de 2021, RGD tiene quince portales de enfermedades:

Los portales de enfermedades consolidan los datos en RGD para una categoría de enfermedad específica y los presentan en un solo grupo de páginas. Se enumeran los genes, QTL y cepas anotadas para cualquier enfermedad en la categoría, con vistas de todo el genoma de sus ubicaciones en ratas, humanos y ratones (consulte "Visor del genoma" en las herramientas del genoma desarrolladas en RGD ). Las secciones adicionales del portal muestran datos de fenotipos, procesos biológicos y vías relacionadas con la categoría de la enfermedad. También se proporcionan páginas para brindar a los usuarios acceso a información sobre cepas de ratas utilizadas como modelos para una o más enfermedades en la categoría, herramientas que podrían usarse para analizar los datos y recursos adicionales relacionados con la categoría de la enfermedad.

Caminos

Los recursos de Pathway de RGD incluyen una Ontología de Pathway de términos de ruta (desarrollada y mantenida en RGD, que abarca no solo rutas metabólicas sino también rutas de enfermedades, fármacos, reguladoras y de señalización), así como diagramas interactivos de los componentes e interacciones de rutas seleccionadas. En las páginas del diagrama se incluyen una descripción, listas de miembros de genes de vías y elementos adicionales, tablas de enfermedades, anotaciones de vías y fenotipos realizadas en genes de miembros de vías, referencias asociadas y un diagrama de rutas de ontologías. Se presentan conjuntos de vías y redes de conjuntos, es decir, agrupaciones de vías relacionadas que contribuyen a un proceso más amplio, como la homeostasis de la glucosa o la regulación de la expresión génica, así como diagramas de vías fisiológicas que muestran redes de órganos, tejidos, células y vías moleculares en su conjunto. nivel animal o de sistemas.

Knockouts

Hasta hace poco, no era posible realizar manipulaciones genómicas específicas y directas en la rata. Sin embargo, con el auge de tecnologías como la nucleasa de dedos de zinc y las técnicas de mutagénesis basadas en CRISPR , ese ya no es el caso. Los grupos que producen eliminaciones genéticas de ratas y otros tipos de ratas modificadas genéticamente incluyen el Centro de Genética Humana y Molecular de MCW. RGD tiene enlaces a información sobre las cepas de ratas producidas en estos estudios a través de páginas sobre el proyecto PhysGen Knockout y el MCW Gene Editing Rat Resource Center (GERRC) , a las que se accede desde los encabezados de las páginas de RGD. El financiamiento tanto para el proyecto PhysGenKO como para el GERRC provino del National Heart Lung and Blood Institute (NHLBI). El objetivo declarado de ambos proyectos es producir ratas con alteraciones en uno o más genes específicos relacionados con la misión del NHLBI. Los genes fueron nominados por investigadores de ratas. Las nominaciones fueron adjudicadas por una Junta Asesora Externa. En el caso del proyecto PhysGenKO, muchas de las ratas producidas por el grupo fueron fenotipadas utilizando un protocolo de fenotipado estandarizado de alto rendimiento y los datos están disponibles en la herramienta PhenoMiner de RGD.

Difusión y educación comunitaria

RGD llega a la comunidad de investigación de ratas en una variedad de formas que incluyen un foro de correo electrónico, una página de noticias, una página de Facebook, una cuenta de Twitter y asistencia regular y presentaciones en reuniones y conferencias científicas. Las actividades educativas adicionales incluyen la producción de videos tutoriales, que describen cómo usar herramientas y datos RGD, y sobre temas más generales como ontologías biomédicas y nomenclatura biológica (es decir, genes, QTL y cepas). Estos videos se pueden ver en varios sitios de alojamiento de videos en línea, incluido YouTube .

Fondos

RGD está financiado por la subvención R01HL64541 del Instituto Nacional del Corazón, los Pulmones y la Sangre ( NHLBI ) en nombre de los Institutos Nacionales de Salud (NIH). La investigadora principal de la subvención es Anne E. Kwitek, PhD, quien fue nombrada para este puesto de liderazgo de Mary E. Shimoyama, PhD en marzo de 2020. Melinda R Dwinell, PhD es Co-Investigadora.

Nuevo ensamblaje del genoma

El nuevo ensamblaje de ratas del genoma, mRatBN7.2, fue generado por el Proyecto Darwin Tree of Life en el Wellcome Sanger Institute y ha sido aceptado en el Genome Reference Consortium. mRatBN7.2 se derivó de una rata BN / NHsdMcwi macho que es descendiente directa de la rata BN hembra secuenciada previamente. El nuevo genoma de referencia de rata BN se creó utilizando una variedad de tecnologías que incluyen lecturas largas PacBio , lecturas vinculadas 10X , mapas Bionano y Arima Hi-C. Su contigüidad es similar a los ensamblajes de referencia humanos o de mouse. Está disponible en GenBank de NCBI y en RefSeq, y se convertirá en el ensamblaje principal en RGD en un futuro próximo.

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