El CD Vitoria fue fundado en 1945 y jugó en categorías regionales, promocionando varias veces al tercer nivel . Históricamente, el CD Vitoria tenía su propio campo ( Campo Municipal Vitoriana ) pero desde hacía algunos años jugaba sus partidos de casa en el Polideportivo Betoño . En 2011, obtuvieron la promoción del quinto nivel con un récord invicto.
En 2015, el club firmó un convenio de colaboración con la SD Eibar y pasó a actuar como su equipo agrícola , inicialmente disputando partidos en casa en el estadio de Arrate, en Nanclares de la Oca . El Eibar había disuelto previamente su propio equipo B en 2012 para reducir costos mientras su equipo senior languidecía en Segunda División B , pero ascendieron a La Liga en temporadas sucesivas y decidieron buscar un nuevo acuerdo formal para un club filial. A los pocos meses del acuerdo, el Eibar adquirió un equipo local para actuar como un vínculo más entre el nivel juvenil y el Vitoria, que se conocería como Eibar Urko .
Un año después, el club ascendió por primera vez a Segunda División B y volvió a Vitoria-Gasteiz para jugar en el Estadio Olaranbe . Esta decisión fue controvertida ya que tanto el Deportivo Alavés como el Aurrerá Vitoria (propietario del estadio hasta 1999) protestaron en su contra, alegando que los estatutos del terreno solo permitían su uso por equipos de la provincia de Álava - Vitoria cumplía con este requisito, pero club matriz No lo hizo el Eibar (de Gipuzkoa ).
Después de asegurar su estatus en la división por segunda temporada, en agosto de 2018 Vitoria anunció que jugaría sus partidos de Segunda División B en el Estadio Ellakuri en el municipio de Laudio / Llodio , manteniendo su estructura de fútbol base en Vitoria-Gasteiz. Fueron relegados en 2018-19 , lo que también bloqueó la promoción del Eibar Urko desde el nivel provincial debido a reglas que impedían que equipos de un mismo club compitieran en la misma división. Tras el descenso de Vitoria a la Tercera, los partidos de local se trasladaron al Eibar, disputado en el Polideportivo Unbe de la localidad . La pandemia de COVID-19 en España hizo que la temporada siguiente se detuviera antes de tiempo, pero finalmente se llevaron a cabo los play-offs de la Tercera División 2020 : Vitoria estuvo involucrado pero no pudo ser ascendido, nuevamente bloqueando también la promoción de Urko.
Nota: Las banderas indican la selección nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
