Lista de sistemas de gráficos moleculares - List of molecular graphics systems

Esta es una lista de sistemas de software notables que se utilizan para visualizar macromoléculas.

Las tablas siguientes indican qué tipos de datos se pueden visualizar en cada sistema:

Nombre Datos Licencia Tecnología Citas Comentarios
Amira EM MM MRI óptico SMI XRC Propiedad Windows, Linux, Mac Basado en OpenInventor / OpenGL; centrándose en las ciencias biomédicas y de la vida.
Diseñador Ascalaph MM MD QM Propiedad C ++ Gráficos, construcción de modelos, mecánica molecular , química cuántica .
Avizo EM MM MRI óptico SMI XRC Propiedad Windows, Linux, Mac Avizo se deriva de Amira y se centra en la ciencia de los materiales.
Avogadro MM XRC MD Código abierto gratuito , GPL C ++ , Qt , extensible a través de módulos de Python
Cn3D Código abierto gratuito Programa independiente En el kit de herramientas de NCBI C ++
Focha XRC Código abierto gratuito
Gabedit XRC MM Código abierto gratuito C
Jmol Código abierto gratuito Java Applet o programa independiente Admite capacidades avanzadas como la carga de múltiples moléculas con movimiento independiente, superficies y orbitales moleculares, visualización de cavidades, simetría de cristal
Timbre MDL Propietario , uso gratuito no comercial Complemento de navegador C ++ solo para Windows Construir y visualizar moléculas y sistemas periódicos (cristal, estructuras, fluidos ...), animar trayectorias, visualizar orbitales moleculares, densidad, potencial electrostático ... visualizar gráficas tales como tensores IR, NMR, dieléctricos y ópticos.
Moldeado MM XRC Académico patentado , de uso gratuito
Entorno operativo molecular (MOE) HM MD MM NA QM SMI XRC Propiedad Windows, Linux, OS X; Lenguaje de programación SVL Construya, edite y visualice moléculas pequeñas, macromoléculas, complejos proteína-ligando, redes cristalinas, superficies moleculares y de propiedades. Plataforma para una amplia colección de aplicaciones de modelado molecular / descubrimiento de fármacos.
Molekel MM XRC Código abierto gratuito Java 3D subprograma o programa independiente
PyMOL XRC SMI EM código abierto , Python Pitón Según el autor, casi 1/4 de todas las imágenes publicadas de estructuras de proteínas 3D en la literatura científica se realizaron a través de PyMOL.
RasMol Código abierto gratuito Programa independiente C
SANSÓN MM MD SMI MRI Libre Windows, Linux, Mac. C ++ (Qt) Nanociencia computacional: ciencias de la vida, materiales, etc. Arquitectura modular, módulos denominados SAMSON Elements.
Sirio Código abierto gratuito Java 3D subprograma o programa independiente
Scigress MM QM Propiedad Programa independiente Edite, visualice y ejecute simulaciones en varios sistemas moleculares.
espartano MM QM Propiedad Programa independiente Visualice y edite biomoléculas, extraiga ligandos enlazados de archivos PDB para análisis computacionales adicionales, paquete completo de mecánica molecular y cálculos químicos cuánticos con interfaz gráfica de usuario optimizada.
Quimera UCSF XRC SMI EM MD Propietario , uso gratuito no comercial Pitón Incluye visor de secuencia única / múltiple, alineación de secuencia basada en estructura, diafonía automática de secuencia-estructura para análisis integrados.
VMD EM MD MM Propietario , uso gratuito no comercial C ++
Y SI HM XRC Patentada , shareware para los académicos Fortran , C , OpenGL , independiente Interfaz anticuada; muy buen software para el bioinformático experimentado; casi 2000 opciones relacionadas con la estructura de proteínas; viene con redacción de 500 páginas.
YASARA HM NMR XRC Versión gratuita limitada y patentada C - ensamblaje , Windows, Linux, Mac Programa de simulación y modelado molecular con todas las funciones, que incluye predicción y acoplamiento de estructuras. Modo gráfico o texto (clusters), interfaz Python.

Ver también

Referencias

enlaces externos