Lista de sistemas de gráficos moleculares - List of molecular graphics systems
Esta es una lista de sistemas de software notables que se utilizan para visualizar macromoléculas.
Las tablas siguientes indican qué tipos de datos se pueden visualizar en cada sistema:
- EM - Microscopía electrónica
- HM - Modelado de homología
- MD - Dinámica molecular
- MM - Modelado molecular , visualización de orbitales moleculares
- MRI - Imágenes por resonancia magnética
- NA - Ácidos nucleicos
- RMN - Resonancia magnética nuclear
- Óptica - Microscopía óptica
- QM - Química cuántica
- SMI - Interacciones de moléculas pequeñas
- XRC: datos de cristalografía de rayos X como la densidad de electrones
Nombre | Datos | Licencia | Tecnología | Citas | Comentarios |
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Amira | EM MM MRI óptico SMI XRC | Propiedad | Windows, Linux, Mac | Basado en OpenInventor / OpenGL; centrándose en las ciencias biomédicas y de la vida. | |
Diseñador Ascalaph | MM MD QM | Propiedad | C ++ | Gráficos, construcción de modelos, mecánica molecular , química cuántica . | |
Avizo | EM MM MRI óptico SMI XRC | Propiedad | Windows, Linux, Mac | Avizo se deriva de Amira y se centra en la ciencia de los materiales. | |
Avogadro | MM XRC MD | Código abierto gratuito , GPL | C ++ , Qt , extensible a través de módulos de Python | ||
Cn3D | Código abierto gratuito | Programa independiente | En el kit de herramientas de NCBI C ++ | ||
Focha | XRC | Código abierto gratuito | |||
Gabedit | XRC MM | Código abierto gratuito | C | ||
Jmol | Código abierto gratuito | Java Applet o programa independiente | Admite capacidades avanzadas como la carga de múltiples moléculas con movimiento independiente, superficies y orbitales moleculares, visualización de cavidades, simetría de cristal | ||
Timbre MDL | Propietario , uso gratuito no comercial | Complemento de navegador C ++ solo para Windows | Construir y visualizar moléculas y sistemas periódicos (cristal, estructuras, fluidos ...), animar trayectorias, visualizar orbitales moleculares, densidad, potencial electrostático ... visualizar gráficas tales como tensores IR, NMR, dieléctricos y ópticos. | ||
Moldeado | MM XRC | Académico patentado , de uso gratuito | |||
Entorno operativo molecular (MOE) | HM MD MM NA QM SMI XRC | Propiedad | Windows, Linux, OS X; Lenguaje de programación SVL | Construya, edite y visualice moléculas pequeñas, macromoléculas, complejos proteína-ligando, redes cristalinas, superficies moleculares y de propiedades. Plataforma para una amplia colección de aplicaciones de modelado molecular / descubrimiento de fármacos. | |
Molekel | MM XRC | Código abierto gratuito | Java 3D subprograma o programa independiente | ||
PyMOL | XRC SMI EM | código abierto , Python | Pitón | Según el autor, casi 1/4 de todas las imágenes publicadas de estructuras de proteínas 3D en la literatura científica se realizaron a través de PyMOL. | |
RasMol | Código abierto gratuito | Programa independiente C | |||
SANSÓN | MM MD SMI MRI | Libre | Windows, Linux, Mac. C ++ (Qt) | Nanociencia computacional: ciencias de la vida, materiales, etc. Arquitectura modular, módulos denominados SAMSON Elements. | |
Sirio | Código abierto gratuito | Java 3D subprograma o programa independiente | |||
Scigress | MM QM | Propiedad | Programa independiente | Edite, visualice y ejecute simulaciones en varios sistemas moleculares. | |
espartano | MM QM | Propiedad | Programa independiente | Visualice y edite biomoléculas, extraiga ligandos enlazados de archivos PDB para análisis computacionales adicionales, paquete completo de mecánica molecular y cálculos químicos cuánticos con interfaz gráfica de usuario optimizada. | |
Quimera UCSF | XRC SMI EM MD | Propietario , uso gratuito no comercial | Pitón | Incluye visor de secuencia única / múltiple, alineación de secuencia basada en estructura, diafonía automática de secuencia-estructura para análisis integrados. | |
VMD | EM MD MM | Propietario , uso gratuito no comercial | C ++ | ||
Y SI | HM XRC | Patentada , shareware para los académicos | Fortran , C , OpenGL , independiente | Interfaz anticuada; muy buen software para el bioinformático experimentado; casi 2000 opciones relacionadas con la estructura de proteínas; viene con redacción de 500 páginas. | |
YASARA | HM NMR XRC | Versión gratuita limitada y patentada | C - ensamblaje , Windows, Linux, Mac | Programa de simulación y modelado molecular con todas las funciones, que incluye predicción y acoplamiento de estructuras. Modo gráfico o texto (clusters), interfaz Python. |
Ver también
- Visualización de datos biológicos
- Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
- Lista de sistemas de visualización de microscopía
- Lista de software bioinformático de código abierto
- Gráficos moleculares
- Editor de moléculas
Referencias
enlaces externos
- Saric M. "Programas libres de modelado molecular =" . Una evaluación técnica, objetiva y bastante detallada de unas 20 herramientas.
- "Lista de PDB de herramientas de gráficos moleculares" .
- "Índice de recursos de visualización molecular" .
- "Recursos de visualización molecular por Eric Martz" .