Caenorhabditis -Caenorhabditis
Caenorhabditis | |
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Caenorhabditis elegans | |
clasificación cientifica | |
Reino: | Animalia |
Filo: | Nematoda |
Clase: | Cromadorea |
Pedido: | Rhabditida |
Familia: | Rhabditidae |
Género: |
Caenorhabditis ( Osche , 1952) Dougherty, 1955 |
Sinónimos | |
Rabditis (Caenorhabditis) Osche, 1952 |
Caenorhabditis es un género de nematodos que vive en ambientes ricos en bacterias como pilas de abono, animales muertos en descomposición y frutas en descomposición. El nombre proviene del griego: caeno- (καινός (caenos) = nuevo, reciente); rabditis = en forma de varilla (ῥάβδος (rabdos) = varilla, varita). En 1900, Maupas inicialmente nombró a la especie Rhabditis elegans , Osche la colocó en el subgénero Caenorhabditis en 1952, y en 1955, Dougherty elevó a Caenorhabditis a la categoría de género .
El género Caenorhabditis contiene el organismo modelo conocido Caenorhabditis elegans y varias otras especies para las que está disponible o se está determinando una secuencia del genoma . Las dos especies más estudiadas de este género ( C. elegans y C. briggsae ) son ambas androdioicas (tienen sexos masculino y hermafrodita ) mientras que la mayoría de las otras especies son gonocorísticas (tienen sexos masculino y femenino).
C. elegans es la especie tipo del género.
Ecología
Las caenorhabditis ocupan diversos entornos ricos en nutrientes y bacterias. No forman poblaciones autosostenibles en el suelo, ya que carece de suficiente materia orgánica. Los gusanos juveniles y también las larvas de dauer pueden ser transportados por invertebrados, incluidos milpiés , insectos , isópodos y gasterópodos . Algunas especies también parecen estar asociadas con vertebrados, incluido el ganado cebú , aunque la naturaleza de esta asociación no está clara. Las especies pueden clasificarse como ' foréticas ' o 'necroménicas' en función de sus relaciones con sus huéspedes invertebrados. Un gusano forético cabalga sobre el huésped hasta que encuentra un ambiente favorable y luego se va. Un gusano necroménico espera que el huésped muera y vive de las bacterias que prosperan en el animal muerto. Muchas especies son capaces de estilos de vida tanto foréticos como necroménicos.
Especies
Cladograma de especies de Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Especies de Caenorhabditis: C. nigoni es la especie hermana de C. briggsae, mientras que C. elegans permanece sola, basal en el grupo 'Elegans'. |
Hay alrededor de 50 especies conocidas en este género, algunas de ellas aún no descritas y nombradas formalmente, a pesar de que 15 de las especies se nombraron en un artículo de 2014. Según la comparación de secuencias de ITS2 , estas se pueden agrupar de la siguiente manera:
- Supergrupo 'Elegans'
- Caenorhabditis inopinata : antes de 2017 denominada C. sp. 34 . Se aisló una especie gonocorística (macho-hembra) de higos y avispas de higos. Su genoma está siendo secuenciado en la Universidad de Miyazaki.
- Caenorhabditis sp. 35
- Grupo 'Elegans'
- Caenorhabditis elegans : genoma secuenciado en 1998 por la Universidad de Washington en St. Louis y el Instituto Wellcome Trust Sanger para una cobertura 6 veces mayor. Esta es actualmente la especie más estudiada del género y probablemente del filo. C. elegans son en su mayoríahermafroditas protandrosos XXque fertilizan usando su propio esperma o el esperma de machos XO ocasionales.
- Caenorhabditis briggsae : la secuencia del genoma finalizó en 2003 en la Universidad de Washington en St. Louis . C. briggsae es la segunda especie mejor estudiada del género. Si bien C. briggsae también son en su mayoría hermafroditas protandrosos XX, no son los parientes más cercanos de C. elegans , y la estrategia reproductiva hermafrodita de estas especies, así como C. tropicalis , es un ejemplo de evolución convergente . La distancia evolutiva entre C. briggsae y C. elegans es similar a la de humanos y ratones. C. nigoni es el pariente más cercano de C. briggsae , y las dos especies ocasionalmente pueden producir híbridos algo fértiles.
- Caenorhabditis remanei : genoma secuenciado por WashU GSC. Más estrechamente relacionado con C. briggsae que C. elegans , C. remanei es una especie gonocorística (obligada macho-hembra) delgrupo Elegans . En el pasado, existía cierta confusión sobre la ubicación de las cepas entre C. remanei , C. vulgaris (ahora visto como una subespecie de C. remanei ) y C. brenneri "".
- Caenorhabditis brenneri - (antes de 2007 denominada C. sp 4 , C. sp CB5161 y C. sp PB2801 ) - genoma secuenciado por WashU GSC. Esta especie gonocorística se encuentra en elgrupo Elegans , más cercana a C. briggsae que a C. elegans .
- Caenorhabditis nigoni : antes de 2014 denominada C. sp. 9
- Caenorhabditis doughertyi : antes de 2014 denominada C. sp. 10
- Caenorhabditis tropicalis : antes de 2014 denominada C. sp. 11 Al igual que C. elegans y C. briggsae , las poblaciones de C. tropicalis están formadas por XX hermafroditas protándros y X0 machos. Estas tres especies no sonparientes más cercanos entre sí
- Caenorhabditis wallacei : antes de 2014 denominada C. sp. dieciséis
- Caenorhabditis latens : antes de 2014, C. sp. 23
- Caenorhabditis sinica : antes de 2014, C. sp. 5
- Grupo 'Japonica'
- Caenorhabditis japonica - genoma secuenciado por WashU GSC. Esta especie gonocorística se encuentra en elgrupo Japonica , el clado hermano delgrupo Elegans . En la naturaleza, esta especie se encuentra asociada de forma no parasitaria con las chinches excavadoras Parastrachia japonensis y puede entrar en la etapa dauer independientemente de la comida y las condiciones de hacinamiento.
- Caenorhabditis afra - (también conocida como C. sp. 7 , C. sp. JU1199 y C. sp. JU1286 ). Este gonochoristic (macho-hembra) especies se aisló por Matthias Herrmann en Begoro, Ghana, África en 2007. Su genoma está siendo secuenciados en Wash U .
- Caenorhabditis imperialis : antes de 2014 denominada C. sp. 14
- Caenorhabditis kamaaina : antes de 2014 denominada C. sp. 15
- Caenorhabditis nouraguensis : antes de 2014 denominada C. sp. 17
- Caenorhabditis macrosperma : antes de 2014 denominada C. sp. 18
- Caenorhabditis yunquensis : antes de 2014 denominada C. sp. 19
- Supergrupo 'Drosophilae': grupo de especies que generalmente se encuentran en frutos podridos y son transportadas por moscas
Drosophila
- Caenorhabditis angaria - (antes de 2011 conocida como C. sp. 2 , C. sp. 3 y C. sp. PS1010 ) - genoma secuenciado en el Instituto de Tecnología de California en 2010. Esta especie gonocorística, que se encuentra en elgrupo Angaria delsupergrupo de Drosophilae , tiene una morfología y un comportamiento distintos en comparación con C. elegans . En particular, losmachos de C. angaria exhiben un comportamiento de apareamiento en espiral. Su divergencia de C. elegans es similar a la distancia entre humanos y peces. C. castelli es su pariente más cercano y las dos especies pueden producir híbridos F1.
- Caenorhabditis castelli : antes de 2014 denominada C. sp. 12
- Caenorhabditis drosophilae
- Caenorhabditis guadeloupensis : antes de 2014 denominada C. sp. 20
- Caenorhabditis portoensis : antes de 2014 denominada C. sp. 6
- Caenorhabditis virilis : antes de 2014 denominada C. sp. 13
- Caenorhabditis sp. 8
- basal
- Caenorhabditis monodelphis : antes de 2017 denominada Caenorhabditis sp. 1
- Caenorhabditis plicata : el genoma está siendo secuenciado por la Universidad de Edimburgo .
Otros estudios filogenéticos
El grupo de especies Caenorhabditis con el grupo 'Protorhabditis', que contiene especies de los géneros Protorhabditis , Diploscapter y Prodontorhabditis , por un lado, y con las especies Oscheius , por otro lado, para formar el grupo 'Eurhabditis' de los géneros Rhabditidae .
Los miembros de Caenorhabditis comparten exclusivamente 39 indeles de firma conservados que se encuentran en las regiones conservadas de varias proteínas, como la proteína Rab44 y una proteína poli ADP-ribosa glicohidrolasa (PARG-1), y se localizan específicamente en asas expuestas a la superficie. Estos marcadores moleculares ayudan a distinguir este género de todas las demás especies, y su presencia en los bucles expuestos a la superficie sugiere implicaciones en las interacciones proteína-proteína o proteína-ligando.