Fundada en 1971 por Dionisio Muñoz Jerez. El acta de fundación del club se firmó el 20 de julio de ese año. Alcorcón pasó aproximadamente sus primeros 30 años de existencia entre la cuarta división y las ligas regionales. El Alcorcón disputó su primer partido el 8 de septiembre de 1971 contra el Atlético de Madrid (equipo juvenil) y lo perdió 0: 2. En 2000-01, hizo su debut en Segunda División B , terminando en el puesto 12 y pasando las siguientes temporadas inmerso en posiciones de la mitad de la tabla. El Alcolcórn de la temporada 2003-04 dirigido por el técnico Raúl González terminó en décima posición en Segunda División B.
En 2008-09 , un tercer puesto en la temporada regular significó que Alcorcón pudo aparecer en los play-offs de ascenso por primera vez en su historia. Después de deshacerse de Sant Andreu y Alcoyano , el club fue derrocado por el Real Unión de Irún en la ronda final con un marcador global de 3-1.
El 10 de noviembre, en el partido de vuelta en el Santiago Bernabéu , el club perdió 1-0, pero ganó 4-1 en el global, pasando así a los siguientes octavos de final, donde el club fue derrocado por el Racing de Santander por 2– 3 en total.
En 2017, el Alcorcón se clasificó para los cuartos de final de la Copa del Rey por primera vez en su historia tras una victoria en la tanda de penaltis sobre el Espanyol , pero fue derrotado 2-0 en el global por el Alavés . El club ocupó el puesto 13 en la temporada 2017-18 en la Segunda División, a solo 4 puntos de ser relegado, y también tuvo problemas en la siguiente campaña, pero mantuvo su lugar en Segunda División después de terminar la temporada en el puesto 14.
Nota: Las banderas indican la selección nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
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