Tetraloop - Tetraloop

Estructura de un tetraloop GNRA de un auto-empalme grupo I intrón .

Los tetrabucles son un tipo de motivos de bucle de horquilla de cuatro bases en la estructura secundaria del ARN que cubren muchas hélices dobles . Hay muchas variantes del tetraloop. Los publicados incluyen ANYA, CUYG, GNRA, UNAC y UNCG.

Tres tipos de tetraloops son comunes en el ARN ribosómico : GNRA, UNCG y CUUG, en los que el N podría ser uracilo , adenina , citosina o guanina , y el R es guanina o adenina. Estas tres secuencias forman tetraloops estables y conservados que juegan un papel importante en la estabilidad estructural y la función biológica del ARNr 16S.

  • GNRA
    • El tetraloop GNRA tiene un par de bases guanina - adenina donde la guanina está a 5 'de la hélice y la adenina a 3' de la hélice. Los tetraloops con la secuencia UMAC tienen esencialmente el mismo pliegue de la cadena principal que el tetraloop GNRA, pero es menos probable que formen interacciones tetraloop-receptor. Por lo tanto, pueden ser una mejor opción para cerrar tallos al diseñar ARN artificiales.
    • La presencia del tetraloop GNRA proporciona una estabilidad excepcional a la estructura del ARN. GNRA ocurre un 50% más que otros tetranucleótidos debido a su capacidad para soportar temperaturas 4 ° C más altas que otras horquillas de ARN. Esto les permite actuar como sitios de nucleación para el plegamiento adecuado del ARN. Los raros enlaces de hidrógeno entre el primer nucleótido de guanina y el cuarto de adenina, el apilamiento extenso de bases de nucleótidos y los enlaces de hidrógeno entre 2 'OH de un azúcar ribosa y bases nitrogenadas hacen que el tetraloop sea termodinámicamente estable.
  • UNCG
    • En el UNCG es favorable termodinámicamente y estructuralmente debido a los enlaces de hidrógeno , las interacciones de van der Waals , las interacciones culombóticas y las interacciones entre el ARN y el solvente. Los tetrabucles de UNCG son más estables que los de ADN con la misma secuencia. El tetraloop UUCG es el tetraloop más estable. Los tetraloops UUCG y GNRA constituyen el 70% de todos los tetraloops en 16S-rRNA.
  • CUUG
    • El tetraloop CUUG tiene la mayor probabilidad de cambios conformacionales debido a su flexibilidad estructural. De los tres tetraloops mencionados, este tetraloop es el más flexible ya que el segundo uracilo no tiene restricciones comparativamente. También es muy estable termodinámicamente.

Ver también

Referencias

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