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NeuroLex
Captura de pantalla de NeuroLex 2014-02-01.png
Contenido
Descripción Léxico dinámico de términos de neurociencia en una wiki semántica
Tipos de datos
capturados
Neurociencia
Contacto
Autores Maryann Martone , Stephen Larson y otros
Acceso
Sitio web https://scicrunch.org/scicrunch/interlex/dashboard
Diverso
Licencia CC-BY icon.svg
Licencia no exportada de Creative Commons Attribution 3.0

NeuroLex es un léxico dinámico de conceptos de neurociencia . Es una wiki estructurada como semántica , utilizando Semantic MediaWiki . NeuroLex cuenta con el apoyo del proyecto Marco de información de neurociencia .

Descripción general

El NeuroLex está destinado a ayudar a mejorar la forma en que los neurocientíficos se comunican sobre sus datos, de modo que los sistemas de información como el NIF puedan encontrar datos más fácilmente y proporcionar medios más poderosos para integrar los datos que ocurren en los recursos distribuidos. Uno de los grandes obstáculos para la integración de datos en neurociencia es el uso inconsistente de terminología en bases de datos y otros recursos como la literatura . Cuando uno usa los mismos términos para significar cosas diferentes, no es fácil hacer preguntas que abarquen múltiples recursos. Por ejemplo, si tres bases de datos tienen información sobre qué genes se expresan en la corteza , pero todas usan diferentes definiciones de corteza cerebral , entonces no se pueden comparar fácilmente.

Utilización dentro del marco de información de neurociencia

El NIF permite el descubrimiento y el acceso a datos y herramientas de investigación pública en todo el mundo a través de un entorno de red de código abierto. Financiado por el NIH Blueprint for Neuroscience Research, el NIF permite a los científicos y estudiantes descubrir recursos web de neurociencia global que traspasan las fronteras tradicionales, desde bases de datos de neurociencia experimental, clínica y traslacional, hasta bases de conocimiento, atlas y recursos genéticos / genómicos.

A diferencia de los motores de búsqueda generales, NIF proporciona un acceso más profundo a un conjunto más específico de recursos que son relevantes para la neurociencia, estrategias de búsqueda adaptadas a la neurociencia y acceso a contenido que tradicionalmente está "oculto" en los motores de búsqueda web . El Marco es un inventario dinámico de bases de datos de neurociencia, anotado e integrado con un sistema unificado de terminología biomédica (es decir, NeuroLex). NIF admite consultas basadas en conceptos en múltiples escalas de estructura biológica y múltiples niveles de función biológica, lo que facilita la búsqueda y la comprensión de los resultados.

Como parte del NIF, se proporciona una interfaz de búsqueda para muchas fuentes diferentes de información y datos neurocientíficos. Para hacer esta búsqueda más efectiva, el NIF está construyendo ontologías para ayudar a organizar los conceptos de neurociencia en jerarquías de categorías, por ejemplo, indicando que una neurona es una célula . Esto permite a los usuarios realizar búsquedas más efectivas y también organizar y comprender la información que se devuelve. Pero un complemento importante de esta actividad es definir claramente todos los términos que se utilizan para describir datos, por ejemplo, términos anatómicos, técnicas, nombres de organismos .

Contenido

Las entradas iniciales en NeuroLex se construyeron a partir de las ontologías NIFSTD que subsumían un vocabulario anterior BIRNLex. Actualmente contiene conceptos que abarcan anatomía macroscópica, células del sistema nervioso , estructuras subcelulares, enfermedades , funciones y técnicas. NIF está solicitando la opinión de la comunidad para agregar más contenido y corregir lo que está allí.

Ver también

notas y referencias

Otras lecturas

NIF apareció en un número especial de Neuroinformatics , publicado en septiembre de 2008:

  1. Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (septiembre de 2008). "Los vocabularios NIFSTD y BIRNLex: construcción de ontologías integrales para la neurociencia" . Neuroinformática . 6 (3): 175–94. doi : 10.1007 / s12021-008-9032-z . PMC  2743139 . PMID  18975148 . Archivado desde el original el 12 de febrero de 2009.
  2. Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A , Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (septiembre de 2008). "El marco de información de la neurociencia: un entorno de datos y conocimiento para la neurociencia" . Neuroinformática . 6 (3): 149–60. doi : 10.1007 / s12021-008-9024-z . PMC  2661130 . PMID  18946742 .
  3. Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (septiembre de 2008). "Terminología para el descubrimiento de datos de neurociencia: sintaxis de árboles múltiples y semántica derivada del investigador" . Neuroinformática . 6 (3): 161–74. doi : 10.1007 / s12021-008-9029-7 . PMC  2663521 . PMID  18958630 .
  4. Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (septiembre de 2008). "Acceso federado a recursos de información heterogéneos en el Marco de Información de Neurociencias (NIF)" . Neuroinformática . 6 (3): 205-17. doi : 10.1007 / s12021-008-9033-y . PMC  2689790 . PMID  18958629 .
  5. Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (septiembre de 2008). "Implementación de NeuroMorpho.Org de neurociencia digital: cobertura densa e integración con el NIF" . Neuroinformática . 6 (3): 241–52. doi : 10.1007 / s12021-008-9030-1 . PMC  2655120 . PMID  18949582 .
  6. Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (septiembre de 2008). "El broker NIF LinkOut: un recurso web para facilitar la integración de datos federados utilizando identificadores NCBI" . Neuroinformática . 6 (3): 219-27. doi : 10.1007 / s12021-008-9025-y . PMC  2704600 . PMID  18975149 .
  7. Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (septiembre de 2008). "Problemas en el diseño de una interfaz de consulta basada en conceptos piloto para el marco de información de neuroinformática" . Neuroinformática . 6 (3): 229–39. doi : 10.1007 / s12021-008-9035-9 . PMC  2664632 . PMID  18953674 .
  8. Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (septiembre de 2008). "Textpresso para la neurociencia: búsqueda del texto completo de miles de artículos de investigación en neurociencia" . Neuroinformática . 6 (3): 195-204. doi : 10.1007 / s12021-008-9031-0 . PMC  2666735 . PMID  18949581 .

enlaces externos