Eco RI - EcoRI
| Eco RI | |||||||||
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| Identificadores | |||||||||
| Símbolo | Eco RI | ||||||||
| Pfam | PF02963 | ||||||||
| InterPro | IPR004221 | ||||||||
| SCOP2 | 1na6 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | 79lll | ||||||||
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Eco RI (pronunciado "eco R one") es unaenzima endonucleasa de restricciónaislada de la especie E. coli . Es una enzima de restricción que escinde las dobles hélices de ADN en fragmentos en sitios específicos y también es parte del sistema de modificación de restricción . Laparte Eco del nombre de la enzima se origina en la especie de la que se aisló - "E" denota el nombre genérico que es "Escherichia" y "co" denota el nombre de la especie, "coli" - mientras que la R representa la cepa particular, en este caso RY13, y la I denota que fue la primera enzima aislada de esta cepa.
En biología molecular se utiliza como enzima de restricción . Eco RI crea extremos pegajosos de 4 nucleótidos con voladizos de extremo 5 ' de AATT. La secuencia de reconocimiento de ácido nucleico donde la enzima corta es G ↓ AATTC, que tiene una secuencia palindrómica complementaria de CTTAA ↓ G. Otras enzimas de restricción, dependiendo de sus sitios de corte, también pueden dejar salientes 3 'o extremos romos sin salientes.
Estructura
Estructura primaria
Eco RI contiene el motivo PD..D / EXK dentro de su sitio activo como muchas endonucleasas de restricción .
Estructura terciaria y cuaternaria
La enzima es un homodímero de una subunidad de 31 kilodaltons que consta de un dominio globular de la arquitectura α / β. Cada subunidad contiene un bucle que sobresale del dominio globular y envuelve el ADN cuando se une.
Eco RI se ha cocristalizado con la secuencia que normalmente corta. Este cristal se utilizó para resolver la estructura del complejo ( 1QPS ). La estructura cristalina resuelta muestra que las subunidades de la enzima homodímero interactúan simétricamente con el ADN. En el complejo, dos hélices α de cada subunidad se unen para formar un paquete de cuatro hélices. En las hélices que interactúan se encuentran los residuos Glu144 y Arg145, que interactúan juntos, formando un anillo de diafonía que se cree que permite que los dos sitios activos de la enzima se comuniquen.
Usos
Las enzimas de restricción se utilizan en una amplia variedad de técnicas de genética molecular que incluyen clonación , cribado de ADN y eliminación de secciones de ADN in vitro . Las enzimas de restricción, como Eco RI, que generan extremos pegajosos del ADN, a menudo se utilizan para cortar el ADN antes de la ligadura , ya que los extremos pegajosos hacen que la reacción de ligadura sea más eficiente. Un ejemplo de este uso es en la producción de ADN recombinante , al unir ADN donante y vector. Eco RI puede exhibir un corte no específico del sitio, conocido como actividad de estrella , dependiendo de las condiciones presentes en la reacción. Las condiciones que pueden inducir la actividad estrella cuando se usa Eco RI incluyen baja concentración de sal, alta concentración de glicerol, cantidades excesivas de enzima presente en la reacción, pH alto y contaminación con ciertos disolventes orgánicos.
Ver también
Referencias
- ^ a b Pingoud A, Jeltsch A (septiembre de 2001). "Estructura y función de las endonucleasas de restricción tipo II" . Investigación de ácidos nucleicos . 29 (18): 3705–27. doi : 10.1093 / nar / 29.18.3705 . PMC 55916 . PMID 11557805 .
- ^ Kurpiewski MR, Engler LE, Wozniak LA, Kobylanska A, Koziolkiewicz M, Stec WJ, Jen-Jacobson L (octubre de 2004). "Mecanismos de acoplamiento entre especificidad de reconocimiento de ADN y catálisis en endonucleasa EcoRI" . Estructura . 12 (10): 1775–88. doi : 10.1016 / j.str.2004.07.016 . PMID 15458627 .
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- ^ Kim YC, Grable JC, Love R, Greene PJ, Rosenberg JM (septiembre de 1990). "Refinamiento de la estructura cristalina de la endonucleasa Eco RI: un seguimiento de la cadena de proteínas revisado" . Ciencia . 249 (4974): 1307–9. Código Bibliográfico : 1990Sci ... 249.1307K . doi : 10.1126 / science.2399465 . PMID 2399465 .
- ^ Gao, T; Konomura, S; Mayo, C; Nich, C (abril de 2015). "Aumentar el contenido de GC en voladizo aumenta la eficacia de la ligadura del extremo pegajoso" (PDF) . Revista de Microbiología e Inmunología Experimental .
- ^ Griffiths, Anthony JF; Miller, Jeffrey H .; Suzuki, David T .; Lewontin, Richard C .; Gelbart, William M. (2000). "Fabricación de ADN recombinante" . Introducción al análisis genético. 7ª Edición .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 15 de octubre de 2012 . Consultado el 21 de enero de 2010 .Mantenimiento de CS1: copia archivada como título ( enlace )
