Cosechadora bioinformática - Bioinformatic Harvester

Cosechadora bioinformática
Desarrollador (es) Urban Liebel, Björn Kindler
Lanzamiento estable
4/24 de mayo de 2011 ; Hace 9 años  ( 24 de mayo de 2011 )
Sistema operativo Basado en web
Tipo Herramienta de bioinformática
Sitio web cosechadora .kit .edu

El Bioinformatic Harvester fue un meta motor de búsqueda bioinformático creado por el Laboratorio Europeo de Biología Molecular y posteriormente alojado y desarrollado por el Instituto de Tecnología KIT Karlsruhe para genes e información asociada a proteínas. Harvester trabaja actualmente para información basada en humanos , ratones , ratas , peces cebra , drosophila y arabidopsis thaliana . Harvester cross-links> 50 recursos bioinformáticos populares y permite búsquedas cruzadas. Harvester sirve decenas de miles de páginas todos los días a científicos y médicos. Desde 2014 el servicio no funciona.

Cómo funciona Harvester

Harvester recopila información de bases de datos de proteínas y genes junto con información de los llamados "servidores de predicción". El servidor de predicción, por ejemplo, proporciona un análisis de secuencia en línea para una sola proteína. El índice de búsqueda de Harvesters se basa en la recopilación de información de proteínas IPI y UniProt . Las colecciones constan de:

  • ~ 72.000 humanos, ~ 57.000 ratones, ~ 41.000 ratas, ~ 51.000 pez cebra, ~ 35.000 páginas de proteína arabidopsis, que entrecruzan ~ 50 recursos bioinformáticos importantes.


La cosechadora entrecruza varios tipos de información

Información basada en texto

De las siguientes bases de datos:

Bases de datos ricas en elementos gráficos

Estas bases de datos no se recopilan, sino que se entrecruzan y se muestran a través de iframes . Un iframe es una ventana dentro de una página HTML para una vista incrustada y acceso interactivo a la base de datos vinculada. Varios de estos iframes se combinan en una sola página de proteínas Harvester. Esto permite la comparación conveniente simultánea de información de varias bases de datos.

Acceso desde aplicación externa

Lo que uno puede encontrar

Harvester permite una combinación de diferentes términos de búsqueda y palabras individuales.

Ejemplos de búsqueda:

  • Nombre genético: "golga3"
  • Gen-alias: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (un nombre de gen es suficiente)
  • Ontologías genéticas: "Vía de señalización de la proteína receptora ligada a enzimas"
  • Unigene -Cluster: "Hs.449360"
  • Go-annotation: "transporte intra-Golgi"
  • Función molecular: "unión a proteína quinasa"
  • Proteína: "Q9NPD3"
  • Dominio proteico: "SH2 sar"
  • Localización de proteínas: "retículo endoplásmico"
  • Cromosoma: "2q31"
  • Enfermedad relevante: utilice la palabra "vínculo de enfermedad"
  • Combinaciones: "golgi diseaselink" (encuentra todas las proteínas de golgi asociadas con una enfermedad)
  • ARNm : "AL136897"
  • Palabra: "Cáncer"
  • Comentario: "altamente expresado en el corazón"
  • Autor: "Merkel, Schmidt"
  • Publicación o proyecto: " proyecto de secuenciación de ADNc "

Ver también

Literatura

  • Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (agosto de 2004). " ' Harvester': un meta motor de búsqueda rápido de recursos de proteínas humanas" . Bioinformática . 20 (12): 1962–3. doi : 10.1093 / bioinformatics / bth146 . PMID   14988114 .
  • Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). "Bioinformática" Cosechadora ": un motor de búsqueda de recursos de proteínas de rata, ratón y humanos en todo el genoma". Meth. Enzymol . Métodos en enzimología. 404 : 19-26. doi : 10.1016 / S0076-6879 (05) 04003-6 . ISBN   9780121828097 . PMID   16413254 .

notas y referencias

enlaces externos