Cosechadora bioinformática - Bioinformatic Harvester
Desarrollador (es) | Urban Liebel, Björn Kindler |
---|---|
Lanzamiento estable | 4/24 de mayo de 2011
|
Sistema operativo | Basado en web |
Tipo | Herramienta de bioinformática |
Sitio web | cosechadora |
El Bioinformatic Harvester fue un meta motor de búsqueda bioinformático creado por el Laboratorio Europeo de Biología Molecular y posteriormente alojado y desarrollado por el Instituto de Tecnología KIT Karlsruhe para genes e información asociada a proteínas. Harvester trabaja actualmente para información basada en humanos , ratones , ratas , peces cebra , drosophila y arabidopsis thaliana . Harvester cross-links> 50 recursos bioinformáticos populares y permite búsquedas cruzadas. Harvester sirve decenas de miles de páginas todos los días a científicos y médicos. Desde 2014 el servicio no funciona.
Cómo funciona Harvester
Harvester recopila información de bases de datos de proteínas y genes junto con información de los llamados "servidores de predicción". El servidor de predicción, por ejemplo, proporciona un análisis de secuencia en línea para una sola proteína. El índice de búsqueda de Harvesters se basa en la recopilación de información de proteínas IPI y UniProt . Las colecciones constan de:
- ~ 72.000 humanos, ~ 57.000 ratones, ~ 41.000 ratas, ~ 51.000 pez cebra, ~ 35.000 páginas de proteína arabidopsis, que entrecruzan ~ 50 recursos bioinformáticos importantes.
La cosechadora entrecruza varios tipos de información
Información basada en texto
De las siguientes bases de datos:
- UniProt , una de las mayores bases de datos de proteínas
- FUENTE , descripción general conveniente de la información genética
- Herramienta de investigación de arquitectura modular simple (SMART)
- SOSUI , predice dominios transmembrana
- PSORT , predice la localización de proteínas
- HomoloGene , compara proteínas de diferentes especies
- gfp-cdna , localización de proteínas con microscopía de fluorescencia
- Índice internacional de proteínas (IPI)
Bases de datos ricas en elementos gráficos
Estas bases de datos no se recopilan, sino que se entrecruzan y se muestran a través de iframes . Un iframe es una ventana dentro de una página HTML para una vista incrustada y acceso interactivo a la base de datos vinculada. Varios de estos iframes se combinan en una sola página de proteínas Harvester. Esto permite la comparación conveniente simultánea de información de varias bases de datos.
- NCBI- BLAST , un algoritmo para comparar secuencias biológicas del NCBI
- Ensembl , anotación automática de genes por el EMBL- EBI y el Instituto Sanger
- FlyBase es una base de datos del organismo modelo Drosophila melanogaster
- GoPubMed es un motor de búsqueda basado en el conocimiento para textos biomédicos
- iHOP , información hipervinculada sobre proteínas a través de sinónimos de genes / proteínas
- El proyecto Herencia mendeliana en el hombre cataloga todas las enfermedades conocidas
- RZPD , Centro alemán de recursos para la investigación del genoma en Berlín / Heidelberg
- STRING , herramienta de búsqueda para la recuperación de genes / proteínas que interactúan, desarrollada por EMBL , SIB y UZH
- Red de información del pez cebra
- LOCALIZAR base de datos de localización subcelular (mouse)
Acceso desde aplicación externa
- Navegador de genomas , borradores de ensamblajes de trabajo para genomas UCSC
- Google Académico
- Mitocheck
- PolyMeta , meta motor de búsqueda para Google, Yahoo, MSN, Ask, Exalead, AllTheWeb, GigaBlast
Lo que uno puede encontrar
Harvester permite una combinación de diferentes términos de búsqueda y palabras individuales.
Ejemplos de búsqueda:
- Nombre genético: "golga3"
- Gen-alias: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (un nombre de gen es suficiente)
- Ontologías genéticas: "Vía de señalización de la proteína receptora ligada a enzimas"
- Unigene -Cluster: "Hs.449360"
- Go-annotation: "transporte intra-Golgi"
- Función molecular: "unión a proteína quinasa"
- Proteína: "Q9NPD3"
- Dominio proteico: "SH2 sar"
- Localización de proteínas: "retículo endoplásmico"
- Cromosoma: "2q31"
- Enfermedad relevante: utilice la palabra "vínculo de enfermedad"
- Combinaciones: "golgi diseaselink" (encuentra todas las proteínas de golgi asociadas con una enfermedad)
- ARNm : "AL136897"
- Palabra: "Cáncer"
- Comentario: "altamente expresado en el corazón"
- Autor: "Merkel, Schmidt"
- Publicación o proyecto: " proyecto de secuenciación de ADNc "
Ver también
- Lista de bases de datos académicas y motores de búsqueda
- Bases de datos biológicas
- Entrez
- Instituto Europeo de Bioinformática
- Base de datos de referencia de proteínas humanas
- Metadatos
- Herramienta de creación de perfiles de secuencia
Literatura
- Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (agosto de 2004). " ' Harvester': un meta motor de búsqueda rápido de recursos de proteínas humanas" . Bioinformática . 20 (12): 1962–3. doi : 10.1093 / bioinformatics / bth146 . PMID 14988114 .
- Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). "Bioinformática" Cosechadora ": un motor de búsqueda de recursos de proteínas de rata, ratón y humanos en todo el genoma". Meth. Enzymol . Métodos en enzimología. 404 : 19-26. doi : 10.1016 / S0076-6879 (05) 04003-6 . ISBN 9780121828097 . PMID 16413254 .
notas y referencias
enlaces externos
- Sitio web oficial Bioinformatic Harvester V en KIT Karlsruhe Institute of Technology
- "Harvester42 en KIT - integrando 50 motores de búsqueda generales" . Archivado desde el original el 6 de enero de 2013 . Consultado el 6 de enero de 2013 .