BRENDA - BRENDA

BRENDA (El Sistema Integral de Información de Enzimas)
Database.png
Contenido
Descripción información molecular y bioquímica sobre enzimas que han sido clasificadas por la IUBMB
Contacto
Centro de Investigación Technische Universität Braunschweig, Departamento de Bioquímica y Bioinformática
Cita primaria PMID  21062828
Fecha de lanzamiento 1987
Acceso
Sitio web http://www.brenda-enzymes.org
URL de descarga formulario
URL del servicio web jabón

BRENDA ( El Sistema Integral de Información de Enzimas ) es un sistema de información que representa uno de los depósitos de enzimas más completos . Es un recurso electrónico que comprende información molecular y bioquímica sobre enzimas que han sido clasificadas por la IUBMB . Cada clasificada enzima se caracteriza con respecto a su catalizada bioquímica reacción . Propiedades cinéticas de los reactivos correspondientes (es decir, sustratos y productos) se describen en detalle. BRENDA contiene datos específicos de enzimas extraídos manualmente de la literatura científica primaria y datos adicionales derivados de métodos automáticos de recuperación de información como la minería de textos . Proporciona una interfaz de usuario basada en web que permite un acceso cómodo y sofisticado a los datos.

Historia

BRENDA se fundó en 1987 en el antiguo Centro Alemán de Investigación en Biotecnología (ahora Centro Helmholtz para la Investigación de Infecciones ) en Braunschweig y se publicó originalmente como una serie de libros. Su nombre era originalmente un acrónimo de la base de datos de enzimas de Braunschweig . De 1996 a 2007, BRENDA estuvo ubicada en la Universidad de Colonia . Allí, BRENDA se convirtió en un sistema de información enzimática de acceso público. En 2007, BRENDA regresó a Braunschweig . Actualmente, BRENDA se mantiene y se desarrolla aún más en el Departamento de Bioinformática y Bioquímica de TU Braunschweig .

Actualizaciones

Se realiza una actualización importante de los datos en BRENDA dos veces al año. Además de la actualización de su contenido, también se incorporan mejoras de la interfaz de usuario en la base de datos de BRENDA.

Contenido y funcionalidades

Base de datos:

La base de datos contiene más de 40 campos de datos con información específica de enzimas sobre más de 7000 números EC que se clasifican según la IUBMB . Los diferentes campos de datos cubren información sobre la nomenclatura, la reacción y la especificidad de la enzima , la estructura , el aislamiento y la preparación de la enzima, la estabilidad de la enzima, los parámetros cinéticos como el valor de Km y el número de recambio , la aparición y la localización, los mutantes y enzimas modificadas, la aplicación de enzimas y ligandos. datos relacionados. Actualmente, BRENDA contiene datos anotados manualmente de más de 140.000 artículos científicos diferentes . Cada entrada de enzima está claramente vinculada a al menos una referencia bibliográfica, a su organismo de origen y, cuando esté disponible, a la secuencia de proteínas de la enzima. Una parte importante de BRENDA son los más de 110.000 ligandos enzimáticos, que están disponibles en sus nombres, sinónimos o mediante la estructura química. El término "ligando" se usa en este contexto para todos los compuestos de bajo peso molecular que interactúan con enzimas. Estos incluyen no solo metabolitos del metabolismo primario, cosustratos o cofactores, sino también inhibidores de enzimas o iones metálicos. El origen de estas moléculas varía desde antibióticos naturales hasta compuestos sintéticos que han sido sintetizados para el desarrollo de medicamentos o pesticidas. Además, se proporcionan referencias cruzadas a recursos de información externos, como bases de datos de secuencia y estructura 3D , así como ontologías biomédicas .

Extensiones:

Desde 2006, los datos de BRENDA se complementan con información extraída de la literatura científica mediante un enfoque de minería de texto basado en la co-ocurrencia . Para este propósito, se introdujeron cuatro repositorios de minería de texto FRENDA (Full Reference ENzyme DAta), AMENDA (Automatic Mining of ENzyme DAta), DRENDA (Disease-Related ENzyme Information DAtabase) y KENDA (Kinetic ENzyme DAta). Estos resultados de extracción de texto se derivaron de los títulos y resúmenes de todos los artículos en la base de datos de literatura PubMed .

Acceso a los datos:

Existen varias herramientas para obtener acceso a los datos en BRENDA. Algunos de ellos se enumeran aquí.

Disponibilidad

El uso de BRENDA es gratuito. Además, FRENDA y AMENDA son gratuitos para usuarios sin fines de lucro. Los usuarios comerciales necesitan una licencia para estas bases de datos a través de BIOBASE.

Otras bases de datos

BRENDA proporciona enlaces a varias otras bases de datos con un enfoque diferente en la enzima , por ejemplo, la función metabólica o la estructura de la enzima . Otros enlaces conducen a información ontológica sobre el gen correspondiente de la enzima en cuestión. Los enlaces a la literatura se establecen con PubMed . BRENDA tiene enlaces a otras bases de datos y repositorios como:

Referencias

Otras lecturas

enlaces externos