El siguiente cladograma de relaciones Afroaves se basa en Jarvis et al (2014), con algunos nombres de clado después de Yury, T. et al. (2013) y Kimball et al. (2013).
Afroaves no siempre se ha recuperado como clado monofilético en estudios posteriores. Por ejemplo, Prum et al. (2015) recuperaron los accipitrimorfos como grupo hermano de un clado ( Eutelluraves ) que comprende los restantes órdenes afroavianos y Australaves ., Mientras que un análisis de Houde et al . (2019) recuperó un clado de accipitrimorfos y búhos como hermana de las aves terrestres restantes.
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