La Copa ULEB 2003-04 contó con un total de 36 equipos, divididos en seis grupos de seis. La fase de grupos de todos contra todos fue seguida por fases eliminatorias. La temporada regular comenzó en noviembre de 2003.
Temporada regular
Los 36 equipos en 6 grupos jugaron una competencia de todos contra todos, en casa y fuera. Dos equipos de cada grupo avanzaron a la fase eliminatoria (octavos de final). Cuatro equipos con mejores registros de tercer lugar en sus respectivos grupos también avanzaron a la fase eliminatoria.
Octavos de final
Los ganadores de los octavos de final avanzaron a los cuartos de final. Los partidos se jugaron a dos, en casa y fuera. Los ganadores del partido se determinaron por diferencia de puntos.
Cuartos de final
Los ganadores de los cuartos de final avanzaron a las semifinales. Los partidos se jugaron a dos, en casa y fuera. Los ganadores del partido se determinaron por diferencia de puntos.
Semifinales
Los ganadores de las semifinales avanzaron a la final. Los partidos se jugaron a dos, en casa y fuera. Los ganadores del partido se determinaron por diferencia de puntos.
Final
El partido se jugó como un solo juego.
Temporada regular
Clave de colores
Los dos primeros lugares de cada grupo, más el equipo con el tercer lugar mejor clasificado, avanzan al Top 16